A Sárospataki Református Kollégium Gimnáziuma történetének legújabb időszaka 1990-től datálódik. Ekkortól ismét a református egyház irányítása alá került az iskola, melynek vezetése úgy döntött, hogy megfontolt, hosszú időszakra szóló fokozatos átmenetet hajt végre. Csak a kezdő évfolyamon, felmenő rendszerben indult meg a református tartalmú és szellemű képzés.

Sárospatak neve ismerősen cseng hazánk minden táján, s nem ritkán határainkon kívül is. Nemcsak történelmünk lapjain, Magyarország kiemelkedő művészeti és kulturális emlékeinek sorában, történelmi és szellemi hagyományainak kapcsán találkozhatunk vele, hanem mai értékeink számbavételekor is. Történelmi jelentőségét mindenkinél szebben méltatta 1847-ben Petőfi Sándor, amikor ezt írta Sárospatakról kelt úti levelében: "Szent föld. E város volt a magyar forradalmak oroszlánbarlangja. Itt tanyáztak a szabadságharc oroszlánjai." A település nevének hallatán, mégis a legtöbben arra a hatalmas kulturális örökségre gondolnak, amelyet Sárospatak az évszázadok során megalkotott. Irodalmi és történelmi nagyjaink hosszú sora szólt meleg szavakkal a városról, vagy vitt magával életre szólóan ösztönző benyomásokat.

A legtöbb emlék a "Kollégiumhoz" fűződik, amely - Móricz Zsigmond szerint - "úgy nő ki a földszintes házak csibecsipogása közül, mint egy igazi sötétbarna kotlós, ki szárnyát leereszti és maga alá gyűjt ötszáz diákot." A város életében mindig meghatározó volt az ősi iskola. Volt időszak a történetében, amikor annyi diák élt a falai között, mint ahány felnőtt lakója volt; méltán nevezték hát iskolavárosnak. A kollégium története elképzelhetetlen a pataki vár és urai nélkül. Az iskolát 1531-ben Perényi Péternek a vár akkori urának rendelkezésére alapították, a reformáció szellemében. Későbbi diákjainak nagy része azokból a nemzeti függetlenségükre büszke rétegekből került ki, amelyek a magyar szabadságharc legkeményebb irányítóit adták. A város szellemének másik meghatározója a műveltség nyíltsága, európai tájékozottsága s a nevelés, oktatás sokoldalúsága volt. A protestáns - előbb a lutheri, utóbb a kálvini irányzat hívének számító - iskola a XVIII. század kezdetéig a Trója - Huta - és Fazekas sor épületegyüttesben működött. Működését a Perényiek, méltó utódai erkölcsileg és anyagilag támogatták. A hagyomány szerint 1550-ben a scholát kollégiummá szervezték át. Ettől kezdve mind több világjárt, külföldi egyetemet végzett tanár került Patakra. Bővült az itt nyújtott ismeretek köre. A grammatikán kívül retorikával, dialektikával, teológiával, filozófiával, göröggel, latinnal és héberrel is foglalkoznak. A mohácsi vész után a három részre szakadt Magyarország tehetősebb családjainak tanulni vágyó fiai a Felvidékről, Erdélyből nagy számban jöttek Patakra. A kollégium élve hivatásával, engedelmességre késztette a különböző tájakról ide került, virtuskodásra hajlamos ifjúságot. Nevelési tevékenységét nem kis mértékben a tekintélytiszteletre alapozta, s hozzászoktatta a diákságot a helytálláshoz, mivel magas követelményeket támasztott a sokszor a másfél évtizedet itt töltő tagjaival szemben. A kollégium fejlődése a gazdag főúri pártfogók - Dobó Ferenc, Perényi Zsófia, Lórántffy Mihály elhalálozása után sem tört meg, sőt újabb lendületet vett, amikor I.Rákóczi György, Erdély fejedelmi trónjára kerülő borsodi főispán elődeit felülmúlóan gondoskodott a kollégiumról. Az akkortól bízvást Rákóczi - Atheneumnak tekinthető intézményben a személyi és tárgyi ellátottság nem hagyott maga után kívánnivalókat. I.Rákóczi György korában rendszerbe foglalták a tanintézet törvényeit, amelyek szabályozták az iskola életét. A fejedelem jóleső érzéssel látta a reformok eredményeit, s a pataki kollégiumot a gyulafehérvári egyenrangú társává akarta tenni, azonban ez a feladat már feleségére Lorántffy Zsuzsannára maradt, mivel I.Rákóczi György 1648-ban elhunyt. Lorántffy Zsuzsanna férje utolsó akaratának tekintette a kollégiummal való fokozott törődést. Ezért végleg Patakra költözött, s a helyszínen felügyelt a várban és az iskolában folyó építkezések menetére. A fejedelemasszony nem sajnálta az időt és a pénzt, hogy a kollégiumnak hasznára legyen. Ő hívta Patakra Comenius Amos Jánost, a híres magyar származású cseh - morva pedagógust, aki - saját szavaival élve - mindent vállalt "ennek a Rákóczi - Atheneumnak a jobbá tétele" érdekében. Lorántffy Zsuzsanna halála után gyökeresen megváltozott a kollégium helyzete, létfeltételei hosszú időre megromlottak. A befolyásos protestáns főurak és a fejedelmi pártfogók kidőltek a sorból, s a katolikus és rekatolizált családok nem vállaltak közösséget az iskolával. Amikor II. Rákóczi György erdélyi fejedelem özvegye Báthory Zsófia berendezkedett a Rákóczi birtokon, azonnal fellépett a protestánsokkal szemben. Zaklatásai miatt 1671-ben a kisebb diákok hazamentek, a nagyobbak pedig Gyulafehérvárra költöztek, s ott folytatták tanulmányaikat. Egy évtizeddel később, 1682-ben a kollégium újra megnyitotta kapuit a fiatalok előtt, ám kálváriájuk újra kezdődött, amikor 1687-ben Caprara császári tábornok kitiltotta őket a városból. A Rákóczi szabadságharc kitörésekor a pataki diákok egy része kuruc katona lett, a többiek Orosz Pál generális jóvoltából megint birtokba vették az oly sokszor "gazdát" cserélt protestáns kollégiumot. A pataki diákok odisszeája véget ért, de a nehézségek nem szűntek meg máról holnapra, időnként gondot okozott a puszta fennmaradás is. A felvilágosodás nagy változások képét vetítette előre. 1781-ben megjelent II.József általános érvényű nyílt parancsa a türelmi rendelet. A kollégium létét többé vallási megfontolásból - a Regnum Marianum koncepció miatt - nem fenyegette veszély. 1791-ben az országgyűlés elfogadta azt a törvénycikket, amely szentesítette a protestánsok szabad vallásgyakorlását. Az iskola élt a történelem által felkínált lehetőségekkel. 1796-tól olyan modern szemléletű tanterv lépett életbe, amely kellő fontosságot tulajdonított az anyanyelvű oktatásnak, a humaniórák és a reáliák egyenrangú tanításának. Vay József a főiskola világi főgondnoka kezdeményezte a kétemeletes Nagykollégium megépítését; a kivitelező munka 1806-ban kezdődik, amelynek az eredménye az impozáns külsejű kontytetős Nagykollégium lett.

A Rákóczi - Atheneum tovább haladt a felemelkedés útján. A főiskola színe - java ekkor, már magévá tette a nemzeti újjászületés gondolatát. A reformkor politikailag tájékozott fiatalságot talált Patakon, akik megértették az idők szavát. A hazáért és a haladásért vívott harcot 1848/49-ben is vállalták, elkötelezték magukat a forradalom mellett. Magukra vonták a figyelmet - mint "Vörössipkások" - a fergetegesen kibontakozó tavaszi hadjáratban. A szabadságharc bukása után sikerült elkerülni a felszámolást, sőt "újjászületési" kort ért meg az iskola. Szerkezete megváltozott, megszűnt az elemi iskolai oktatás, a gimnázium nyolc osztályossá vált, a teológiai és jogi képzés mellett 1857-ben megindult a tanítóképzés is. A XIX. század második felére a régi épületek felett eljárt az idő, - s a XVII. századi Berna - sor kivételével - lebontották őket. A bontások után elkészült a Nagykollégiumhoz csatlakozó gimnáziumi szárny. A külsőleg megfiatalodott kollégium, belsőleg, szellemileg is felfrissült; a kiegyezés korának világnézeti és közjogi vitái, társadalmi, politikai küzdelmei, a különféle módszertani reformok nem hagyták érintetlenül.

Az első világháborúban sok diákot és tanárt hívtak be katonának, közülük kilencvenen vesztették életüket. A második világháború döntően beleszólt a kollégium normális életvitelébe. Később kezdett és hamarabb befejezett tanévek jöttek; a vakációk megszokott rendje is felborult. A háború szörnyű megpróbáltatásai után, amikor még el sem ült a fegyverzaj, Sárospatakon az "ősi schola" megnyitotta kapuit. Az 1944/45-ös Évkönyv szerint "…január 3-án a teológiai internátus néhány lakószobájában, egyelőre alig harminc tanulóval a gimnázium; három tanulóval a teológia is munkához látott. Az iskola fokozatosan újra benépesült, ahogy múltak a napok úgy növekedett a diákság és a tanárok létszáma. A megszokott módon, rendben folyt a tanítás. 1952-ben számos más egyházi iskolával együtt a Sárospataki Református Kollégiumot is államosították, s csaknem negyven éven át Rákóczi Gimnázium néven működött tovább.